la finestra "nera" è una console aperta ad hoc dal sistema per visualizzare un output di un programma che fa output a console (per esempio
print "ciao");
questa sopravvive finché è necessario, cioè fino alla terminazione del programma.
la cosa migliore è aprire da te questa console (programmi "per console" vanno eseguiti con la console):
se sei su windows, il separatore è \ e non /
e "path" sta per "il percorso che dalla cartella corrente ti porta al tuo programma", per esempio
python ~/Desktop/programma.py
naturalmente invece di programma.py devi scrivere il nome del tuo programma.
se sei su windows e hai già aperto la cmd (inizio->esegui... "cmd"),
python "C:\Dove è il desktop\per Windows\non ricordo\programma.py"
infine ultima possibilità se sei su GNU/Linux e usi KDE.
è tanto che non uso KDE quindi non ricordo dove è, probabilmente nella configurazione di associazioni file;
prova tasto destro → proprietà; vedi se è là una opzione che dice "tieni la console aperta" (o simile); altrimenti ci dovrebbe essre una specie di chiave inglese in uno dei tab sempre della finestra proprietà, cliccala; e cerca l'opzione "tieni console aperta" nella "nuova" finestra che ti appare.
forse congiuntamente c'era anche l'opzione "run in console" (sto comunque pensando a KDE3, KDE4 non so se hanno cambiato queste cose)
in extremis, aggiungi un fake input del tipo
a = raw_input()
in fondo al programma